(1) उपकरण चयन। फार्मास्युटिकल उपकरणों के चयन में कुछ समस्याएं हैं, जैसे अनुभव के आधार पर चयन (वास्तविक गणना के बिना, या अपर्याप्त डेटा गणना), उन्नति की अंधाधुंध खोज, और भौतिक डेटा की अपर्याप्त जांच, जो उपकरणों की व्यावहारिकता और अर्थव्यवस्था को गंभीर रूप से प्रभावित करती हैं।

(2) उपकरण स्थापना एवं प्रशिक्षण। औषधीय उपकरणों की स्थापना की प्रक्रिया में अक्सर निर्माण की प्रगति पर ध्यान दिया जाता है, जिससे निर्माण गुणवत्ता की अनदेखी हो जाती है और बाद में उपकरणों के रखरखाव की लागत बढ़ जाती है। इसके अतिरिक्त, उपकरण रखरखाव एवं संचालन कर्मियों के अपर्याप्त प्रशिक्षण से औषधीय उपकरणों के प्रबंधन एवं रखरखाव में भी जोखिम उत्पन्न होता है।

(3) सूचनाकरण के प्रबंधन और रखरखाव में अपर्याप्त निवेश। आजकल, हालांकि कई उद्यम उपकरण प्रबंधन और रखरखाव को बहुत महत्व देते हैं, साथ ही उपकरण रखरखाव रिकॉर्ड प्रबंधन और बुनियादी मापदंडों के रिकॉर्ड को भी काफी हद तक बनाए रखते हैं, फिर भी कुछ समस्याएं मौजूद हैं, जैसे निरंतर रखरखाव डेटा प्रदान करने में कठिनाई, प्रभावी दवा उपकरण विनिर्देश जानकारी का अभाव, जैसे विनिर्देश, चित्र आदि। इससे उपकरण प्रबंधन, रखरखाव और पुनर्निर्माण की कठिनाई और भी बढ़ गई है।

(4) प्रबंधन प्रणाली। प्रभावी प्रबंधन प्रणाली और विधियों की कमी के कारण फार्मास्युटिकल उपकरण रखरखाव कर्मियों का प्रबंधन अपर्याप्त है, रखरखाव कर्मियों के काम में मानकीकरण की कमी है, फार्मास्युटिकल उपकरण प्रबंधन और रखरखाव प्रक्रिया में सुरक्षा छिपे खतरे हैं।